Otra de las joyas de la Capilla Real de Granada es el Misal que pintó para la Reina Isabel Francisco Flores en 1496: «Un misal de pergamino, de mano, guarnecido de brocado carmesí pelo con su guarnición de plata.» Está realizado con «bellas orlas con escudos y emblemas reales, letras con figuras de santos e historias (dos de ellas con retratos de la Reina) y una miniatura de la Crucifixión a plana extra.»
El legado de la Reina a la Capilla incluía una significativa biblioteca que, en 1591, por orden de Felipe II, fue trasladada a Simancas y al monasterio de El Escorial. El Misal es el único resto que permaneció en la Capilla. Los Inventarios de 1591 y de 1534-1540 se refieren a los libros cedidos por la reina a la Capilla Real: 129 según el primer Inventario y 148 de acuerdo con el segundo.
De la inquietud cultural de la Reina y de su interés personal y de su apoyo institucional al naciente humanismo del Renacimiento da testimonio el siguiente texto:
«Ella —Isabel I de Castilla— abre vía libre a los humanistas que de Italia a España mantienen continuada comunicación; fomenta la difusión de la imprenta, cuya aparición en sus reinos coincide con su subida al trono, concediendo franquicia de impuestos y aduanas a impresores; ordena copiar manuscritos; sostiene una escuela de músicos y cantores y, siguiendo la afición de su padre (el rey Juan II) reúne la más rica librería de su tiempo, en la que, junto al núcleo bien nutrido de obras religiosas, se encuentran numerosísimas de clásicos latinos, libros de caballería, tratados y guías de la conducta pública y privada, que adoctrinen para el buen gobierno, obras jurídicas e históricas, de música y de baile, y magníficas selecciones de los escritores castellanos del siglo XIV y de todos los poetas del siglo XV, creadores de aquella poesía en la que hacía su aparición un espíritu nuevo, un sentido musical y una sensibilidad que trasvasaba lo popular a lo erudito y cortesano, con iguales gusto y finura que las piedras góticas del XV recibían una caricia de las brisas renacientes y lograban esa fina gracia suave con la que el arte medieval vencido se entrega al halago de la primavera y de un nuevo espíritu.»
Antonio Gallego y Burín